История театра начинается с 1783 г., когда в Петербурге на Карусельной площади на месте маленького деревянного театра был построен Большой Каменный театр, где проходили представления русских и итальянских опер, а также ставились русские, французские и немецкие драматические спектакли.

В 1860 г. оперная труппа театра переехала в новое здание, выстроенное напротив старого и предназначавшееся только для музыкальных спектаклей. Новый театр, открывшийся 2 октября 1860 г., стал называться Мариинским в честь императрицы Марии Александровны — жены Александра II. В этом здании труппа театра работает до сих пор. С 1885 г. там стала выступать и балетная труппа театра. С 1920 по 1992 г. театр назывался Государственный академический театр оперы и балета (с 1935 г. − имени С. М. Кирова, первого секретаря Ленинградского губернского и городского комитетов ВКП(б), погибшего в 1934 г.). В 1992 г. возвращено название Мариинский театр.

В XIX в. в Мариинском театре были поставлены крупнейшие произведения русского оперного искусства: «Жизнь за царя» М. И. Глинки, «Князь Игорь» А. П. Бородина, «Русалка» А. С. Даргомыжского, «Борис Годунов» М. П. Мусоргского, «Снегурочка» Н. А. Римского−Корсакова, «Евгений Онегин» П. И. Чайковского. Здесь работал выдающийся дирижер Э. Ф. Направник. Ставшие классическими балеты П. И. Чайковского «Лебединое озеро» и «Спящая красавица», поставленные М. Петипа, также увидели свет на сцене этого театра.

В разное время в Мариинском театре работали выдающиеся артисты балета: Авдотья Истомина, Тамара Карсавина, Матильда Кшесинская, Вацлав Нижинский, Анна Павлова, Михаил Фокин. На сцене театра пел великий русский певец − Ф. И. Шаляпин.

На рубеже XIX−XX вв. спектакли театра оформляли известные русские художники К. А. Коровин и А. Я. Головин.

После Октябрьской революции 1917 г. театр продолжал ставить классические и современные оперы и балеты. В театре работали певцы: Иван Ершов, Софья Преображенская, Георгий Нелепп, Осип Петров, Леонид Собинов; балетные артисты: Галина Уланова, Вахтанг Чебукиани. В Мариинском театре работал выдающийся дирижёр Б. Э. Хайкин, а также балетмейстеры А. Я. Ваганова, Л. М. Лавровский.

Во время Великой Отечественной войны театр был эвакуирован в Пермь.

Во второй половине ХХ в. в театре работали: знаменитый дирижёр Ю. Х. Темирканов, балетмейстер Л. В. Якобсон, художник С. Б. Вирсаладзе; танцовщики, известные и в Советском Союзе, и за рубежом − Рудольф Нуриев и Михаил Барышников.

С 1996 г. художественным руководителем и директором театра стал В. А. Гергиев.

С 2013 г. Мариинский театр работает на двух сценах – исторической и новой, в современном здании «Мариинка-2».

Театр всегда пользовался большой популярностью у публики. В наше время он по-прежнему сочетает новаторство и традиции. В его репертуар входят и классические постановки опер и балетов, и современные: балет «Анна Каренина» и опера «Левша» Р. Щедрина, опера−мистерия «Братья Карамазовы» А. Смелкова, балет «Драгоценности» на музыку Г. Форе, И. Стравинского и П. И. Чайковского.

В 2010 году из Концертного зала Мариинского театра состоялась первая в мире прямая телетрансляция балета в формате 3D.

С 2000 года театр проводит Фестиваль балета «Мариинский».

В речи часто используется разговорное название театра – Мариинка (например, сходить в Мариинку, побывать в Мариинке).