Крепость была заложена в русле реки Невы, на Заячьем острове 27 мая 1703 г. по распоряжению Петра I и по его плану. Эта дата считается днём рождения Петербурга. До 1914 г. официальное название крепости было Санкт-Петербургская, в 1914-1917 гг. - Петроградская. После 1917 г. как официальное утвердилось название возникшее в XIX в., - Петропавловская.

Крепость строили очень быстро, за строительством наблюдали лично Пётр I и его ближайшие помощники. Как военное укрепление она представляла собой неправильный шестиугольник, в углах которого расположены шесть бастионов. Сначала укрепления были земляными, в 1706-1740 гг. заменены каменными, в 1779-1786 гг. стены крепости со стороны Невы облицованы гранитными блоками. В восточной стене были сделаны в виде триумфальной арки парадные Петровские ворота, в западной стене - Васильевские, в северной - Никольские и Невские ворота. В начале XVIII в. в двенадцать часов дня со стен крепости производился сигнальный выстрел пушки. В 1957 г. эта традиция была восстановлена.

В XVIII в. в крепости были построены дополнительные укрепления стен - Иоанновский и Алексеевский равелины. Со второй половины XVIII в. здесь находилась тюрьма для политических заключенных, и крепость приобрела мрачную славу русской «Бастилии». В 1796-1797 гг. в Алексееывском равелине построена каменная одноэтажная тюрьма на 20 одиночных камер - «Секретный дом», где были жесточайшие условия содержания арестантов. Здесь отбывали наказание декабристы, народники, Н.Г. Чернышевский, который в Алексеевском равелине написал роман «Что делать?». Тюрьма была упразднена в 1884 г.

Петропавловская крепость - один из символов Петербурга. Золотой шпиль Петропавловского собора - вертикаль, организующая архитектурный образ северной столицы.