Труппа театра (под названием Вольный русский театр) была образована учениками гимназии Московского Университета в 1756 г. после указа императрицы Елизаветы Петровныо создании в России профессионального театра. Возглавил театр известный драматург и директор университетской гимназии М.М. Херасков.

В 1776 г. актёры университетского театра вошли в состав первой профессиональной театральной труппы, известной как «театр Медокса» (по фамилии директора театра М. Медокса). В театре шли оперные, балетные и драматические спектакли. Собственного помещения труппа не имела, до 1780 г. спектакли ставились в доме графа Воронцова на Знаменке. В конце 1780 г. на Петровской улице было построено первое здание театра (архитектор Х. Розберг), и он стал называться Петровским. В 1805 г. здание театра сгорело, и около 20 лет спектакли шли на различных площадках Москвы: в доме Пашкова, в Новом Арбатском театре и др.

В 1824 г. драматическая часть труппы Петровского театра переехала в специально перестроенное архитектором О.И. Бове для театра собственное здание на Театральной (в те годы - Петровской) площади, где театр находится и сегодня. С 1820−х гг. театр стали называть малым. Изначально это не было официальным названием театра, а только отражало малые размеры здания по сравнению с соседним зданием балетно−оперной труппы Петровского театра, которое называлось большим (см. Большой театр). Затем слова Большой и Малый вошли в названия театров.

Театр первым предлагал российским зрителям почти всю русскую классику от инсценировки поэмы А.С. Пушкина «Цыганы» (1832 г.) до постановок пьес Н. В. Гоголя «Ревизор», «Женитьба», «Игроки» и инсценировки его поэмы «Мёртвые души». Для Малого театра и выдающегося русского актёра Михаила Щепкина писал свои пьесы И.С. Тургенев. В Малом театре были поставлены все 48 пьес А.Н. Островского. Драмы и комедии Островского обязательно присутствуют в репертуаре театра и в наше время. В 1929 г. у входа в Малый театр был установлен памятник А.Н. Островскому работы Н.А. Андреева.

Малый театр регулярно обращается и к зарубежной классике: на его сцене идут спектакли по произведениям Ж. Б. Мольера, Э. Золя, Э. Скриба, Ж. Кокто и др.

При Малом театре работает Высшее театральное училище (институт) им. М.С. Щепкина − старейшая театральная школа Москвы.

Малый театр всегда оказывал большое влияние на русскую культуру, на студенческую молодёжь, на настроение русского общества.

Малый театр является хранителем русской театральной традиции, на его сцене по-прежнему идут в основном произведения русских классиков.

В труппе Малого театра сегодня работают знаменитые российские актёры - Э.А. Быстрицкая, Ю.И. Каюров, Ю.М. Соломин − в 1988 г. он стал художественным руководителем театра.

Указом Президента РФ в 1992 г. Малый театр получил статус национального достояния России и был включён в список особо ценных культурных объектов страны наряду с Третьяковской галереей, Эрмитажем и Большим театром.

В ХIХ в. Малый театр называли Вторым университетом, потому что этот театр всегда был важным центром духовной жизни Москвы и всей России. В связи с тем, что в Малом театре были поставлены все пьесы Островского, театр ещё при жизни драматурга назвали Домом Островского.

В разговорной речи театр называют просто − Малый.