Труппа театра (под названием Вольный русский театр) была образована учениками гимназии Московского Университета в 1756 г. после указа императрицы Елизаветы Петровныо создании в России профессионального театра. Возглавил театр известный драматург и директор университетской гимназии М.М. Херасков.

В 1776 г. актёры университетского театра вошли в состав первой профессиональной театральной труппы, известной как «театр Медокса» (по фамилии директора театра М. Медокса). В театре шли оперные, балетные и драматические спектакли. Собственного помещения труппа не имела, до 1780 г. спектакли ставились в доме графа Воронцова на Знаменке. В конце 1780 г. на Петровской улице было построено первое здание театра (архитектор Х. Розберг), и он стал называться Петровским. В 1805 г. здание театра сгорело, и около 20 лет спектакли шли на различных площадках Москвы: в доме Пашкова, в Новом Арбатском театре и др.

В 1824 г. драматическая часть труппы Петровского театра переехала в специально перестроенное архитектором О.И. Бове для театра собственное здание на Театральной (в те годы – Петровской) площади, где театр находится и сегодня. С 1820−х гг. театр стали называть малым. Изначально это не было официальным названием театра, а только отражало малые размеры здания по сравнению с соседним зданием балетно−оперной труппы Петровского театра, которое называлось большим (см. Большой театр). Затем слова Большой и Малый вошли в названия театров.

Театр первым предлагал российским зрителям почти всю русскую классику от инсценировки поэмы А.С. Пушкина «Цыганы» (1832 г.) до постановок пьес Н.В. Гоголя «Ревизор», «Женитьба», «Игроки» и инсценировки его поэмы «Мёртвые души». Для Малого театра и выдающегося русского актёра Михаила Щепкина писал свои пьесы И.С. Тургенев. В Малом театре были поставлены все 48 пьес А.Н. Островского. Драмы и комедии Островского обязательно присутствуют в репертуаре театра и в наше время. В 1929 г. у входа в Малый театр был установлен памятник А.Н. Островскому работы Н.А. Андреева.

Малый театр регулярно обращается и к зарубежной классике: на его сцене идут спектакли по произведениям Ж.Б. Мольера, Э. Золя, Э. Скриба, Ж. Кокто и др.

При Малом театре работает Высшее театральное училище (институт) им. М.С. Щепкина – старейшая театральная школа Москвы.

В 1988 г. художественным руководителем театра стал Ю.М. Соломин, а после его смерти в январе 2024 г. – А.В. Дубровский.

Малый театр всегда оказывал большое влияние на русскую культуру, на студенческую молодёжь, на настроение русского общества.

Малый театр является хранителем русской театральной традиции, на его сцене по-прежнему идут в основном произведения русских классиков.

В труппе Малого театра сегодня работают знаменитые российские актёры – Ю.И. Каюров, И.В. Муравьева.

Указом Президента РФ в 1992 г. Малый театр получил статус национального достояния России и был включён в список особо ценных культурных объектов страны наряду с Третьяковской галереей, Эрмитажем и Большим театром.

В ХIХ в. Малый театр называли Вторым университетом, потому что этот театр всегда был важным центром духовной жизни Москвы и всей России. В связи с тем, что в Малом театре были поставлены все пьесы Островского, театр ещё при жизни драматурга назвали Домом Островского.

В разговорной речи театр называют просто – Малый.