Никита Минов родился в 1605 г. в селе Вельдеманово под Нижнем Новгородом в семье крестьянина. В 19 лет стал священником, женился, но после смерти всех своих троих детей окончательно ушёл из мира, избрав путь монашеского служения. С 1635 г. – в Соловецком (см. Соловецкие острова) монастыре , с 1643 г. – игумен Кожеозёрской обители. В 1646 г. обратил на себя внимание царя Алексея Михайловича и был поставлен архимандритом московского (см. Москва) Новоспасского монастыря. Войдя в кружок так называемых «ревнителей благочестия», обсуждавших пути обновления церковной (см. церковь) жизни, и пользуясь доверием государя, сделал карьеру как церковный и как государственный деятель. В 1652 г. был избран всероссийским святителем и с весны 1653 г. приступил к реформам, ставшим началом церковного раскола.

Упорно настаивая на том, что «священство выше царства», Никон стремился к усилению значимости и влияния Русской церкви в жизни государства. Не желая делиться властью с патриархом, Алексей Михайлович резко разошёлся с Никоном. В 1668 г. с него был снят сан патриарха, причём главным обвинителем на церковном соборе выступил сам царь.

Никон был сослан под надзор в Ферапонтов монастырь, затем переведён в Кирилло-Белозёрский монастырь. Получил разрешение вернуться в Москву только от нового царя Фёдора Алексеевича в 1681 г., но скончался в Ярославле по пути в Москву.

Никон погребён в Новом Иерусалиме, в основанном им монастыре.

В национально-культурном сознании русских имя патриарха Никона неразрывно ассоциируется с эпохой раскола и её негативными последствиями (см. старообрядец).

Реформы Русской церкви этого периода называют реформами Никона.