Музей находится в центре Москвы. Здание построено в 1898-1912 гг. архитектором Р.И. Клейном и является памятником архитектуры. Музей создал И.В. Цветаев (отец поэтессы М.И. Цветаевой) на основе коллекции копий античной и ренессансной скульптуры Московского университета. Открыт в 1912 г. под названием Музей изящных искусств императора Александра III. С 1937 г. носит имя А.С. Пушкина.

Вначале в музее находились скульптурные копии, произведения зарубежной живописи, античные вазы и монеты. Затем коллекцию дополнили памятниками культуры Древнего Египта. После Октябрьской революции 1917 г. собрание музея значительно расширилось, благодаря частным собраниям французской живописи нового времени, например, картинами импрессионистов из коллекций И.А. Морозова и С.И. Щукина. Кроме того, из Третьяковской галереи в музей поступило собрание С.М. Третьякова, который коллекционировал западноевропейскую живопись. После Второй мировой войны (см. Великая Отечественная война) в коллекцию музея поступили художественные экспонаты, которые советские войска вывезли с территории Германии.

В 1949-1953 гг. в музее находилась «Выставка подарков И. В. Сталину от народов СССР и зарубежных стран», но после смерти И.В. Сталина, деятельность музея была восстановлена.

В 1985 г. был создан Музей личных коллекций, а при Музее организованы научно-реставрационные мастерские и специальная Научная библиотека. Сейчас в музее выставлены свыше 560 тысяч произведений живописи, графики, скульптуры, памятников археологии и художественной фотографии.

Музей ведет активную выставочную деятельность, в разные годы показывались картины из собрания Дрезденской галереи, из Нью-Йоркского музея Метрополитен; выставки русского и французского искусства, выставка «Москва - Берлин» и другие. Также в музее проводятся музыкальные фестивали «Декабрьские вечера».

Традиционно музей называют Пушкинским, иногда по первоначальному наименованию - Музей изящных искусств.